โรงเรียนสุเหร่าบ้านดอน ตั้งอยู่ ในชุมชนสุเหร่าบ้านดอน เดิมเป็นที่ดินของมัสยิสดารุ้ลมุ๊ห์ซีนีน เป็นอาคารไม้ชั้นเดียว 3 ห้องเรียน เปิดทำการสอนเมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม 2476 โดยหลวงวิจิตร ประจงการ นายอำเภอพระโขนง
ปี พ.ศ.2523 โรงเรียนได้จัดสร้างอาคารใหม่เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก สูง 4 ชั้น สร้างบนที่ดินกรุงเทพมหานคร จัดซื้อจากอดีตท่านอีหม่ามห์มะห์มุด มะลิ จำนวน 3 ไร่ 4 ตารางวา
ปี พ.ศ. 2546 เปิดทำการสอนระดับมัธยมศึกษา
ปัจจุบันโรงเรียนสุเหร่าบ้านดอนเปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลถึงมัธยมศึกษาปีที่ 3 มีนักเรียนรวม
ทั้งสิ้น 173 คน (ข้อมูล ณ วันที่ 13 มิถุนายน 2565)